Détection Des Pathogènes, Le Progrès Butte Sur L’Agricole

« Les progrès en matière de détection tardent à gagner le monde végétal : la faible valeur ajoutée du produit limite leurs applications », explique le Dr. Thierry Candresse directeur de l’institut de biologie végétale moléculaire à l’Inra de Bordeaux. « Les laboratoires d’analyse pour le secteur agricole s’appuient sur la technique Elisa qui date des années 70. Son principal avantage est de ne demander qu’un euro de consommables. Les techniques plus récentes, comme la PCR, réclament des coûts supérieurs. Si la PCR est très utilisée dans le monde médical, elle serait trop coûteuse pour vérifier l’état de santé d’un plan de vigne par exemple. » Pour la détection des organismes de quarantaine, par contre, les grands moyens sont déployés. La raison en est simple : les autorités des différents pays ne disposent plus de suffi samment de spécialistes en taxonomie pour identifier les organismes arrivant sur leur territoire. L’Inra travaille donc sur le séquençage de régions du génome des espèces indésirables qui permettront de les identifier par une analyse génétique de routine. « A terme, cela pourrait déboucher sur des puces d’identification. Rien ne s’y oppose techniquement », analyse le chercheur. Les techniques de détection fondées sur la lecture de l’ADN sont celles qui ont connu les développements les plus fulgurants, et elles sont sur le point de franchir un nouveau palier...

Quelle innovation pour l’agriculture ?

Depuis le temps que les chercheurs en rêvent, les voila qui débarquent enfin sur le terrain. Les « Lab on chip » ne sont que des outils, mais le nombre de leurs applications et ce qu’ils pourraient changer dans le quotidien des fait tourner les têtes. Avec eux, la détection d’à peu près n’importe quel organisme peut devenir automatique et très rapide grâce à un équipement tenant dans la main. Mais l’agriculture n’est encore concernée que de manière très indirecte : « Quelques start-up ont développé des chips pour la détection de pathogènes du sol, d’autres pour l’analyse mycologiques des eaux recyclées dans les serres. Ce sont des chips qui détectent une cinquantaine d’espèces, mais qui connaissent plusieurs limitations : ils ne sont pas quantitatifs et posent des problèmes d’interprétation. Trouver un fusarim dans son sol n’a rien d’anormal. Que faire de cette information? » Ce qui fait douter Thierry Candresse de l’intérêt immédiat de tels chips dans le monde agricole; à l’exception, peut-être, des cultures à multiplication végétative pour lesquelles il est important de fournir du matériel indemne aux agriculteurs...

Grippe aviaire et allergènes stimulent la recherche

Mais dans le domaine de la santé, les succès sont fantastiques et pourraient bien éviter quelques problèmes collatéraux au monde agricole. Un exemple qui fait beaucoup de bruit en ce moment est celui d’un lab on chip dédié à la détection de la grippe aviaire. Lancé par STMicroelectronics, entreprise franco-italienne, avec la société Veredus, ce test concentre à l’échelle nano et de manière automatique tous les tests que les laboratoires pouvaient réaliser dans leurs murs. Une simple goutte d’échantillon va être divisée en autant de fractions qu’il y a de tests à mener, subir une PCR afin d’en amplifier les fragments d’ADN, et chaque échantillon sera présenté à une sonde dédiée à un type de grippe, parmi lesquels le H5N1. Durée du processus : 2 heures, contre plusieurs jours pour une analyse en laboratoire. Lorsque l’on connaît l’importance d’une réaction rapide pour endiguer une épidémie, on comprend mieux l’intérêt de réduire les temps d’analyse. Des dispositifs similaires existent dans l’agroalimentaire pour détecter les allergènes dans les aliments. Le lien santé publique-agriculture est plus que jamais serré et les progrès de l’un ne peuvent qu’avoir des retombées sur l’autre.